Первый тренер: Зоран Спасич

Воспитанник футбольной школы: «БСК Борча» / «ПКБ Падинска Скела»

Центральный защитник является воспитанником клуба «БСК Борча». Свою профессиональную карьеру начал в 2009 году в клубе «ПКБ Падинска Скела», который выступал в четвёртом дивизионе Сербии.

В 2012 году Даниел заключил контракт с клубом Суперлиги (Д1) «Вождовац», за который в общей сложности провел три сезона, приняв участие в 37 матчах чемпионата и в 5 играх Кубка Сербии.

Первую половину сезона 2015/16 серб провёл в «БСК Борча» (Д2; 9 игр в чемпионате, 2 в кубке), куда был отдан в аренду, а перед началом второго круга подписал контракт с «ОФК Белград» (Д1). За Романтиков, как называют ОФК в Сербии, Стойкович провёл 14 матчей в Суперлиге, в которых забил 1 мяч, и один матч в кубке страны.

Перед стартом сезона-2016/17 футболист перешел в «Радник» (Д1), в составе которого сыграл 5 встреч чемпионата и еще два матча в кубке. 

В феврале 2017 года центрбек подписал контракт с чемпионом Армении «Алашкертом». В течение трех последующих сезонов Стойкович принял участие в 57 играх местной лиги (4851 минут; 1 гол, 10 предупреждений), а также провёл 7 матчей в Кубке Армении (660 минут). В сезоне-2017/18 защитник сыграл в четырёх поединках (360 минут) квалификации Лиги Чемпионов, в том числе провел два полных матча против борисовского БАТЭ (1:1, 1:3), а в сезоне-2018/19 сыграл три матча отбора Лиги Европы (204 минуты, 1 предупреждение). В составе «Алашкерта» Стойкович дважды выигрывал чемпионат Армении (2016/17, 2017/18), стал обладателем Кубка (2017/18) и Суперкубка Армении (2018/19). 

14 августа 2019 года подписал контракт с нашим клубом до конца сезона.

Сербский защитник перешёл в «Неман» во время летнего транферного окна и сразу же отлично вписался в оборонительную линию команды. Свой первый матч за нашу команду легионер сыграл 16 августа в Гродно против «Ислочи» (главный тренер — Игорь Ковалевич). Даниель вышел в стартовом составе, однако из-за столкновения с противником был вынужден на 40-й минуте покинуть поле. Сотрясение выбило из игры центрального защитника на два тура. В следующий раз Стойкович вышел в матче 21 тура в Жодино, заменив в перерыве встречи Артура Слабашевича. 

Из 12 официальных матчей, проведённых командой с конца августа, серб принял участие в девяти (669 минут или 61,94% от сыгранного командой игрового времени), сумев один раз после розыгрыша углового головой отправить мяч в сетку ворот соперника и принести, тем самым, ничью в домашнем матче против минского «Энергетика-БГУ».

После окончания чемпионата Стойкович продлил контракт с клубом ещё на один сезон.

сезон	клуб	дивизион	место	игры	мин	гол+пас	ж/2ж/к
2009/10	ПКБ Падинска Скела (Белград, Сербия)	Д4
2010/11	ПКБ Падинска Скела (Белград, Сербия)	Д4
2011/12	ПКБ Падинска Скела (Белград, Сербия)	Д4
2012/13	Вождовац (Белград, Сербия)	Д1
2013/14	Вождовац (Белград, Сербия)	Д1
2014/15	Вождовац (Белград, Сербия)	Д1
2015/16	БСК Борча (Белград, Сербия)	Д2		9		0
2015/16	ОФК (Белград, Сербия)	Д1		14		1
2016/17	Радник (Сурдулица, Сербия)	Д1		5		0
2016/17	Алашкерт (Ереван, Армения)	Д1	1
2017/18	Алашкерт (Ереван, Армения)	Д1	1
2018/19	Алашкерт (Ереван, Армения)	Д1
2019	Неман (Гродно)	Д1	10	9	669	1 + 0	0/0/0
2020	Неман (Гродно)	Д1	5	29	2610	1 + 0	4/0/0
2021	Атырау (Атырау, Казахстан)	Д1